Przejmująca liturgia pokutna została odprawiona w Bazylice Najświętszego Serca Pana Jezusa w Krakowie na zakończenie pierwszego dnia konferencji. Przewodniczył bp Piotr Libera, obecni byli Prymas Polski abp Wojciech Polak, kard. Stanisław Dziwisz i inni polscy biskupi, a także nuncjusz apostolski w Polsce abp Celestino Migliore.
Liturgia, która rozpoczęła się w półmroku, składała się z kontemplacji o tajemnicy Wcielenia wspartej obrazami wyświetlanymi na ekranie, „Głosu Kościoła”, homilii bp. Libery oraz modlitwy przebaczenia, której wezwania odczytali biskup, ksiądz, zakonnik, siostra zakonna, a także osoby świeckie. Wśród odczytujących była osoba pokrzywdzona.
W części „Głos Kościoła” z ust bp. Libery padły m. in. słowa:
„Teraz, Ojcze, spojrzyj z litością na naszą nędzę: powierzone nam zostało zadanie, żeby być sakramentem zbawienia, nieść ubogim radosną nowinę, opatrzyć blizny zranionych serc, głosić więźniom wyzwolenie, przywrócić wzrok niewidomym, ogłaszać czas Twojej łaski.
Ufni w Twoją obietnicę wyruszyliśmy, aby wchłonąć zło tego świata: egoizm, czerpanie przyjemności z drugiego człowieka, wykorzystywanie słabych, bez obawy zatrucia się; ale ze zdziwieniem i wstydem widzimy, że to zło jest teraz w nas samych i zdeprawowało nasze powołanie bycia Kościołem.
Mieliśmy ratować „maluczkich” Królestwa Bożego, a staliśmy się narzędziem zła przeciw nim. Dlaczego, o Panie, nam się to przydarzyło? Nie pozostawaj w milczeniu, odpowiedz nam!
Zgrzeszyliśmy, wszyscyśmy od Ciebie odstąpili, czy to wykorzystując „maluczkich”, czy osłaniając tych, którzy stali się sprawcami tego zła, a których także uważamy za ofiary świata, który zabija i podżega do gwałtu i zemsty.
Uczuliśmy lęk i przerażenie wobec grzechu, który nas zranił, ukryliśmy go przed światem, ponieważ nie zaufaliśmy Twojej obietnicy i uważaliśmy, że sami sobie z nim poradzimy, zapominając, że mamy się uchwycić Twojego zbawczego Krzyża. Strzegliśmy grzechu w nas samych, jak w jakimś grobowcu, bez powierzenia go Twojemu miłosiernemu sercu.
Oto dzisiaj jesteśmy potępiani przez ten świat, do którego zostaliśmy posłani jako znak zbawienia: nasze usta, które powinny głosić Ewangelię milczą z bólu i wstydu; nasze ręce, które winny leczyć chorych, są skrępowane i bezsilne.
Oto stajemy w pokorze przed Tobą i przed ludźmi, ukrzyżowani przez nasze własne zło. Jesteśmy świadomi, że nasze wynagradzające akty nie będą mogły zmazać wyrządzonej krzywdy, ani uśmierzyć palącej rany naszego sumienia.
W wielkim ucisku stajemy, o Panie, wobec Twojego krzyża: Wysłuchaj wołania, które wznosi się z naszego udręczonego serca, które pragnie doznać uzdrowienia przez miłość. Panie, pragniemy znowu stanąć po stronie małych i słabych, pragniemy na nowo być sakramentem Twojego zbawienia, głosem, który przepowiada Ewangelię.
Dlatego też umocnieni wiarą, ożywieni nadzieją i rozpaleni ewangeliczną miłością zanosimy do Ciebie błagalną prośbę:
Panie, bądź dla nas miłosierny, zmiłuj się nad nami, odwróć swoje oblicze od naszych grzechów, i przyjdź nam z pomocą”